Das Projekt sucht nach einer baulichen Synthese zwischen dem Vergangenen – der kriegszerstörten Kirche-, dem Bestehenden – der kleinen Kapelle – und dem Künftigen – dem Diözesanmuseum. Die Kirchenruine St. Kolumba soll «überbaut» und die Kapelle «Maria in den Trümmern» von Gottfried Böhm soll in ein neues, grösseres Gebäudevolumen eingebunden werden. Den Mauerlinien der letzten Kirche weitgehend folgend, wird das Museumsgebäude die Volumetrie der Kirche St. Kolumba in neu interpretierter Form wiederherstellen. Diese Vorgehenweise adaptiert die jahrhundertealte Tradition, die Kirchengebäude «aus sich heraus» zu verändern, zu ergänzen, zu vergrössern – aber den Standort, den geweihten Ort beizubehalten.
Die Ruine wird zwar befestigt und geschützt, sie bleibt aber erkennbar. Analog den konservierenden Ausmauerungen der Fensteröffnungen werden die Fassadenreste der Kirche zum Schutz der erosionsgefährteten Mauerkronen und der offenen Ausgrabungsstätte aufgemauert.
Das oberste Museumsgeschoss, das die Ruine zu grossen Teilen überdeckt, lässt über der Stätte wieder einen Raum entstehen – einen «inneren» Aussenraum. Einen Raum, dessen Wände und Dach löchrig sind – wie dessen Boden.
Der Museumsbau vermag so zum Schutzdach und zur Schutzhülle für die Ueberreste der zerstörten Kirche zu werden, während er in seinem Inneren kirchliche Kunstgegenstände neu beheimatet, bewahrt und schützt. Das Museum wird zum Bindeglied zwischen Kunstobjekt und geweihtem Ort – als Behausung des einen und «Beschirmung» des anderen.
Die kleine Kapelle wird als eigener Baukörper eingebunden in das neue Volumen – wie ein Stein in eine Fassung. Das Museumsgebäude öffnet sich mit einem riesigen Hof über der Kapelle, sodass deren Hauptteil, das Oktogon, unter freiem Himmel steht.
Die Konstruktion des Museums besteht hauptsächlich aus zwei Materialien: Beton zum Tragen und schwarzes Klinker-Mauerwerk zum Verkleiden, Umhüllen und Schützen. Die primären Tragelemente aus Beton, die raumhaltigen Pfeiler, gepaart mit tragenden Scheiben, verdichten sich im obersten Geschoss zu einem räumlichen Geflecht von Scheiben, Böden und Decken.
Die Aufmauerung der Kirchenumfassungswände und auch der luftdurchlässige, ebenfalls unbeheizte Oberlicht-Dachstock bestehen aus versetzt gemauertem, dunklem Klinker. Eben dieser Stein, aber ohne Lücken vermauert, bildet auch die äussere, verkleidende Schale der tragenden Betonwände. An den Fassaden verweisen die unterschiedlich durchlässigen Mauerwerksschichten auf die dahinter liegenden, geschlosssenen Innenräume oder die offenen Aussenräume – mit dieser Eigenschaft an die durchbrochenen Konstruktionen des Kölner Doms errinnernd.
Die Museumsräume besitzen ein Oberlicht, ein Seitenlicht oder teilweise auch beides. Die Wände bestehen aus rohem Beton oder können gestrichen werden – weiss, farbig oder in goldener Farbe wie eines der Kunstwerke – die Wandmalerei von Jannis Kounellis.