Dem Werk der beiden Appenzeller Maler Carl August Liner und Carl Walter Liner gewidmet, gehört der Bau zum Typus der monographischen Museen. Gleichwohl sind die Ausstellungsräume nicht speziell für bestimmte Kunstwerke des einen oder des andern Malers dimensioniert oder gestaltet. Vielmehr sind sie so beschaffen, dass sie sich für die Hängung der Werke beider Künstler ebenso eignen wie für periodische Wechselausstellungen auch zeitgenössischer Kunst.
Somit handelt es sich um allgemeine, nicht um spezifische Räume. Es sind stille, schlichte Räume, welche die Kunstwerke weder überhöhen noch erdrücken wollen. Zurückhaltend im Detail, haben sie helle Wände, einen Fussboden aus gegossenem Beton und werden jeweils von oben, über ein befenstertes Giebeldach, mit Tageslicht erhellt.
Verhältnismässig geringe Raumgrössen erlauben es, für die einzelnen Bilder ein möglichst konzentriertes Umfeld zu schaffen. Die gesamte Ausstellungsfläche gliedert sich in zehn Räume von jeweils 30 bis 50 Quadratmetern. Die verschiedenen Raumgrössen entstehen einerseits durch eine asymmetrisch angeordnete Mittelwand, andererseits durch die sukzessive Verringerung der Raumtiefen von Süden nach Norden. Eine wechselweise mäandrierende oder geradlinige Wegführung durch das Museum ergibt sich durch das Versetzen oder das Hintereinanderschalten der Türöffnungen - zum Zwecke der Verlangsamung des Schritts. Zwei Seitenfenster erlauben den Besuchern den Ausblick ins Freie wie auch die Orientierung im Gebäude. Eine kleiner Leseraum und ein Raum für Dia- und Videovorführungen befinden sich am nördlichen Ende des Gebäudes, also in der Mitte des Museumsrundgangs. Den architektonischen Auftakt zum Museumsbesuch bildet die grosse Eingangshalle mit dem Empfangs- und Verkaufstresen. Als grösster Raum ist sie der geeignete Ort für Versammlungen, Ansprachen und Vorträge.
Die Tragkonstruktion des Gebäudes besteht aus gegossenem Beton und gemauerten Gasporen-Betonsteinen. Die Massivität der Konstruktion und die Nordorientierung der Dachfenster ergibt bei minimaler Klimatisierung ausgeglichene Temperatur- und Feuchtigkeitswerte in den Ausstellungsräumen. Das aus dem Volumen herausgestülpte Vestibül aus Sichtbeton veranschaulicht die Materialität und Massivität der Gebäudekonstruktion auch gegen aussen.
Das Belichtungssystem der Ausstellungsräume mit unterschiedlich hohen und breiten Giebeln ergibt eine ‚Zick-Zack-Form' des Bauvolumens, die zum einen entfernt an die zusammengebauten Satteldächer der Appenzeller Ortschaften erinnert, zum andern aber auch an die regelmässigeren Shed-Dachformen von Gewerbe- und Agrarbauten denken lässt. Einerseits um Diffusität des reflektierten Lichts, andererseits um Neutralität der Lichtfarbe zu erzielen, sind die Dachflächen mit sandgestrahlten Chromstahlblechen verkleidet. Die Fassadenflächen bestehen aus dem gleichen Material. Sowohl die schuppenähnliche Überlappung der Bleche als auch die matt grau schimmernde Farbe des Materials erinnern an die von der Witterung silbern ergrauten Schindelfassaden und vormals auch Schindeldächer der traditionellen Appenzeller Bauweise. Identisch materialisiert, verbinden sich die Fassaden mit den unterschiedlich geneigten Dachflächen zu einem kleinen ‚Volumengebirge' - vor dem Hintergrund des Alpsteins.
